A ninjutsu  kifejezést szinte minden olyan technikára alkalmazzák a sorozatban, amelynél gyakorlója chakrát használ olyan célra, amit egyébként saját puszta erejéből nem lenne képes megtenni. A genjutsuval ellentétben, aminek használatával a ninja illúziókat és délibábokat képes létrehozni, a ninjutsu hatásai valódiak. Felhasználása az elérni kívánt céltól függően igen sokoldalú lehet; alakváltásra vagy támadások kivédésére egyaránt alkalmas. Ezeknek a technikáknak az alkalmazása magától értetődően természetes dolog a képzett ninják számára, akkor vetik be őket, amikor csak akarják. A jóval összetettebb ninjutsuk alkalmazójuk környezetére is hatással vannak és képesek mozgósítani a természeti elemeket is. Felhasználható lehet gyógyításra vagy a szél és a víz manipulálására is^.

Genjutsu

A genjutsu,vagy illúzió-technika az ellenfél idegrendszerében található chakrára hat, és ily módon hoz létre illúziókat. A sorozatban leggyakrabban látható genjutsu az egyszerű fantomok létrehozása, melyek megzavarják az ellenfelet, aki így olyan dolgokat hall, lát, szagol, ízlel vagy tapint, amik valójában nincsenek is ott. A legtöbb genjutsu az öt érzékszervre van hatással, de más alkalmazási módjai is léteznek a technikának. A genjutsuval sújtott személy általában megdermed vagy elveszíti az eszméletét, attól függően és mértékben, hogy mennyire képes észlelni és védekezni az adott genjutsuval szemben. A genjutsu hatását három módon lehet megtörni. Az első a „kioltó genjutsu”, más néven a „genjutsu kai”  segítségével, mely megszakítja az áldozat csakra-keringését. Ezt, ha még képes rá maga az áldozat, de akár egy társa is megteheti. A fájdalom, melyet nem a genjutsu hatása okoz, szintén kiszabadíthatja az áldozatot a technika hatása alól. A harmadik módszer, ha a genjutsu alkalmazója bármilyen oknál fogva elveszíti az összpontosítást.

Taijutsu

A taijutsu  minden olyan technikát jelöl, melyek a különböző harcművészetekhez kapcsolódnak és az emberi test természetes adottságaira alapoznak. A taijutsu közvetlenül a test fizikai és szellemi energiáit veszi igénybe, és gyakorlójának kitartásán és az edzések során megszerzett testi erején alapul. Mivel a taijutsu nem igényel csakrát, használata jóval gyorsabb lehet mint a ninjutsu vagy a genjutsu technikáké. A taijutsu gyakorlója a chakrát másodlagos célokra is felhasználhatja, mint például, hogy több erőt vigyen bele egy fizikai támadásba, de a legtöbb taijutsu technika csak ritkán alkalmazza a csakrát.

Kekkei genkai

A genetikai adottság, vagy „kekkei genkai”  olyan képesség melyek bizonyos klánok családtagjai között öröklődnek. A legtöbb ilyen klán különleges technikákat fejlesztett ki, mely valamilyen egyedi genetikai adottságukon alapul, ami előnyt jelent számukra a harcmezőn. Ezeket a technikákat mások nem tudják megtanulni vagy lemásolni. Ezek közé a genetikai adottságon alapuló technikák közé tartozik például a Sharingan, mely a gyakorlója szemén keresztül fejti ki hatását, éppen ezért szemtechnikának, dojutsunak  is nevezik. Más kekkei genkaik, mint például a Mokuton két különálló természeti elem vegyítésén alapulnak, amiből egy teljesen új elem jön létre.